全運會期間的空氣質量保障問題一直被各方廣泛關注。全運會期間，濟南市將采取機動車分時段、單雙號限行等措施，確保全運會期間環境空氣良好率達到100%，2009年全年環境空氣良好率達85%以上。 強化工業污染防治，也是保障環境質量的重要一環。濟南市將完成燃煤鍋爐的脫硫改造工程，1臺52平方米燒結機的煙氣脫硫工程；3臺35噸和1臺20噸燃煤鍋爐脫硫改造工程。明年4月底前，完成6噸及以下燃煤鍋爐淘汰任務；6月底前，完成立窯生產線的淘汰工作。全運會舉辦期間，全市將重點加強對工業廢氣污染控制措施，對冶金、電力、化工、水泥的“高耗能、高污染”行業重點排污企業實施限產限排或停產。 濟南市還將加強自動監測設施建設。在確保現有15個空氣自動監測點和66套煙氣自動在線監控系統正常運行的基礎上，計劃增設2臺環境空氣質量流動監測車，對全運會場館區環境空氣質量進行連續流動監測；增設2套交通干線機動車尾氣排放遙感監測系統，實施對行駛機動車尾氣排放的自動監測。